Перед своей блаженной кончиной в 1378 году митрополит Алексий, святитель Московский, завещал положить тело его в Чудовом монастыре в Кремле и указал место погребения за алтарем храма, не желая, по смирению своему, быть похороненным в храме. Но благочестивый великий князь Димитрий Иванович Донской (1363 - 1389), глубоко почитавший великого Святителя, повелел положить тело митрополита Алексия в церкви, близ алтаря.
20 мая 1431 года свод храма, в котором покоился Святитель, обрушился от ветхости. Во время построения нового храма были обретены нетленные мощи святителя Алексия. Собором русских святителей было установлено празднование митрополиту Алексию в день его преставления 12 февраля и в день обретения мощей 20 мая. В 1485 году мощи Святителя были перенесены в храм, посвященный его имени. Ныне они покоятся в Патриаршем Богоявленском соборе в Москве.