Именуется Пожайской по местонахождению монастыря, устроенного в XVII веке при селе Пожайце недалеко от города Ковно (ныне Каунас) на берегу реки Неман. Этот католический Камальдульский монастырь был основан канцлером Великого княжества Литовского Христофором Пацом.
В 1661 году папа римский Александр VII в знак особой благосклонности подарил Христофору Пацу икону Божией Матери с Младенцем, которая была помещена в выстроенном в 1662–1674 г. г. главном храме обители. Икона Богоматери ПОЖАЙСКАЯ написана на холсте овальной формы неизвестным художником. Некоторые полагают, что икону могли написать два художника, специализировавшиеся, как это было принято в те времена, в определенной области: один художник написал Богородицу с Младенцем, другой – венок из красочных и пышных цветов вокруг образа.
Много лет спустя икона прославилась как чудотворная и по католическому обычаю была коронована. В знак благодарности люди приносили этому образу серебряные украшения в виде сердца, рук, ног и т.п.
В связи с изменившимися политическими событиями монастырь вместе с Пожайской иконой Богородицы в 1830 году перешёл от католиков к православным и пребывали в юрисдикции Православной Церкви до 1914 года. Здесь был основан Пожайский Успенский мужской монастырь, который управлялся викарием Литовской епархии епископом Ковенским.
Летописи зафиксировалт случай избавления жителей Ковно от эпидемии холеры в 1893 году по молитвам перед Пожайской иконой Божьей Матери. В память об этих днях была написана копия чудотворной иконы. Этот образ хранится ныне в каунасском Благовещенском соборе. Памятная надпись внизу иконы гласит: «Образ сей сооружен приходским попечительством в память избавления прихода от холеры в 1893 г.»
В 1914 году, в начале Первой мировой войны, ПОЖАЙСКАЯ чудотворная икона была эвакуирована в глубь России. Однако литовцы не забыли о своей святыне, и по их молитвам уже безбожный Советский Союз в 1928 году вернул из Москвы чтимый образ литовским католикам. Икона была помещена в часовню Пожайского монастыря. Когда в 1950 году монастырь был отобран у верующих советской властью, икона нашла приют в каунасской архикафедре. Отсюда летом 2001 года она вернулась на прежнее историческое место в Пожайский монастырь, где и по сей день пребывает.
