По преданию, икона Новодворская написана святителем Петром, будущим митрополитом Московским и всея Руси около 1320 года, когда он ещё жил на Волыни в устроенном им монастыре, на реке Рате, на урочище, называемом Новый Дворец. Во время борьбы с унией (слиянием православного и католического вероисповеданий) местный иеромонах Иаков перенёс святую икону Новодворскую в черниговский Елецкий Успенский монастырь.
Когда же устроился монастырь Суражский при городе Сураже, преосвященный Антоний Стаховский отдал сию икону строителю монастыря Симеону. В соборной церкви сего монастыря, теперь уже не существующего, стояла святая икона Новодворская. В 1677 году 14 августа икона перенесена была из старой церкви в новую в крестном ходе пред литургиею. Св. Димитрий Ростовский, прибывший в это время на поклонение чудотворному образу, рассказывает, что 16 августа Никодим, епископ Целерский, оглашал в церкви после обедни чудеса, бывшие от иконы Богоматери.
Со временем святыня была перенесена в Новгород-Сиверский, в Спасо-Преображенский монастырь, где была чтима наряду с другой чудотворной иконой Пресвятой Богородицы – Леньковской. В советское время икона Божией Матери Новодворская была утрачена.
В 2004 году в освящении возрождённого Спасо-Преображенского монастыря приняли участие президенты России, Белоруссии и Украины. В Дар монастырю был передан древний список (копию) Новодворской иконы Пресвятой Богородицы.
Другой чудотворный древний список Новодворской иконы чтился в Свято-Троицком женском монастыре города Курска. Этот древний образ по-прежнему находится в обители, в которой возрождается монашеская жизнь.